生物制药冻干机的工作原理是生物制品在SFD冷冻真空干燥机进行预冻结晶，然后真空环境下升华干燥过程，整个过程需生物制品冷冻干燥机在严格的控制下运行，其中冷冻干燥机包括箱体、制冷系统、加热系统、真空系统、循环系统和控制系统组成，通过冷冻干燥机配合成熟的工艺配方进行生物制药的冻干处理。
生物制药冻干机根据各个生物制品的特性要求，配合相应的冻干工艺技术处理，使制品物理结构不变，化学结构变化很小，生物制品保持原有的固体结构和形态，在升华干燥过程中，固体冰晶升华成水蒸气后在制品中留下孔隙，形成海绵状多孔性结构，具有理想的速溶性和近乎*的复水性。因为生物制药冻干机工作原理是冷冻真空干燥过程在低的温度和高真空的条件下进行的干燥加工，所以生物制品的热变性小，可以保证制品的生物活性。
生物制药冻干机系统升华过程中温度控制在较低温度状态下，因而对于那些不耐1%热者，比如酶、激素、蛋白、核酸、抗生素、血液和免疫制品等热敏性生物制品和生物组织的干燥尤为适宜。通过冷冻干燥能排除去97%~99%以上的水分，有利于生物物质的长时间保存。生物制品干燥过程是在真空条件下进行的，故不易氧化。由于部分生物制品有特殊的化学、物理、生物不稳定性，各大生物企业通过生物制药冻干机工作原理，把生物制品冷冻干燥机冻干技术广泛应用于生物制品加工。
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