制药用冻干机已经广泛应用于化工制药、医药、生物制品、活性物质等各大领域，其应用规模还在不断快速扩大，冻干技术成为21世纪的重要应用技术。
（1）在生物制品方面的应用
a.活菌菌苗。例如卡介苗、流脑菌苗、结核菌苗、口服痢疾活菌苗、沙门氏菌、链球菌等。
b.火毒疫苗。例如麻疹疫苗、流感疫苗、狂犬疫苗、鸡瘟疫苗等。
c.其它生物制品、生化药品。例如乙肝表面抗原诊断雪球、人白细胞干扰素、*酶A（CoA）、三磷酸腺苷（ATP）、尿激酶等。
（2）在西药生产中的应用
多为针剂，以抗生素药、循环器官用药、中枢神经用药、维生素类和肿瘤药物为多。例如氨苄青霉素、利菌沙(琥乙红霉素片)等。
（3）在中药生产中的应用
近几年开始用冻干法加工中成药，将配制好的中成药，经过浸渍、提取、过滤、浓缩、冻干后再制成粉剂、片、丸或针剂。
（4）医疗方面的应用
利用冻干技术可以长期保存血液、动脉、骨骼、皮肤、角膜和神经组织等各种器官。冻干时细胞未被破坏，复水后生物体又能复活。例如冻干骨骼可以储存在室温或冰箱内长达2年。
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